La Red INNOVAGRO puede recibir recursos financieros de cuotas anuales o de aportaciones económicas especiales de las instituciones miembros, así como de organismos nacionales y agencias multilaterales de cooperación, a través de la Secretaría Ejecutiva, quien los administrará según las normas y procedimientos del IICA; o bien, los miembros pueden financiar directamente las actividades (Encuentro, Seminario Internacional, Ruta de Innovación, etc.) incluidas en el Plan de Trabajo de la Red INNOVAGRO.